鉄道事故が多発する駅や踏切は何もここに限ったことではないが、JR土山駅ではこれまでに幾度となく人身事故が発生している。
駅やそばの踏切（駅の北140ｍに「鉄鋳場（てっちゅうば）踏切」、南310mに「西上岡踏切」がある）には事故で亡くなった人の霊が彷徨っているという噂がある。
駅の側に立つマンションも地元では自殺の名所として知られているらしく、特にある棟の11階（最上階ではない）で飛び降り自殺が頻発しているという。
近傍には「幽霊ビル」と呼ばれるビルもあると聞いたが、詳しい事は分からない。ビルの廃墟だろうか。
以下に駅及び周辺で発生した主な人身事故について列記する。
・平成26年（2014）7月29日午後0時20分頃
JR山陽線（神戸線）土山駅で大阪府大東市の無職女性（48）が上り貨物列車に撥ねられ、搬送先の病院で死亡。
・平成28年（2016）8月22日午前6時20分頃
JR山陽線（神戸線）土山駅でホームを歩いていた50代くらいの男性が停車しようとしていた上郡発米原行き快速電車に接触。男性は頭を強く打ち意識不明の重体。
・平成30年（2018）1月20日午後11時50分頃
JR山陽線（神戸線）土山駅でホームから転落した男性が走行中の長浜発網干行き新快速電車に撥ねられ死亡。
・令和元年（2019）3月15日午前8時頃
兵庫県播磨町野添のJR山陽線（神戸線）「鉄鋳場踏切」で網干発大阪行き快速電車に男性が撥ねられ死亡。
・令和元年（2019）7月28日午後10時50分頃
明石市二見町西二見、JR山陽線（神戸線）「西上岡踏切」で野洲発網干行き新快速電車女性と接触。
・令和4年（2022）8月24日午後10時半頃
JR山陽線（神戸線）土山駅で線路内に立ち入った人が姫路発野洲行き上り新快速電車に撥ねられ死亡。
・令和7年（2025）1月12日10時26分頃
JR山陽線（神戸線）土山駅で線路内に立ち入った人と網干発近江塩津行き新快速電車が接触。
※おことわり
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